魏、晋、南北朝印章的使用，从遗迹来看，不如汉代那样广泛，也可能由于战乱频繁，破坏巨大，故见之不多。现仅所能见知者，略作简述。
钤印
魏、。晋、南北朝之前，纸已发明，但尚未为社会广泛使用。到魏、晋时，纸张、绢素作为书写的材料应用日益广泛，逐步代替了竹木简。这一改变也促使印章的使用发生了显著的变化。这就是封泥逐渐废止，而以印色钤印于纸帛、绢素上，逐渐通行起来，尤其是到了南北朝应用更为广泛。前面谈到敦煌石室发现六朝人写的《杂阿毗昙心经》上用印泥钤印“永兴郡印”的大型朱文印，更可证明这一事实。也可说魏、晋这一时期是封泥与印色使用的交接过渡时期。
过渡时期的特点，往往是新生事物还不够完善、成熟。印章用印色在纸帛、绢素上的钤印，由于纸质不坚，不易保存；印色调制尚在试验阶段，也不易保存，所以这一阶段的实物尚未能发现。从“永兴郡印”看，印体变大，印面有5厘米见方，比一般魏、晋、南北朝的官印大了近一倍，而且改用了朱文。用白文钤用在较粗的纸帛绢素上，底纹空隙较多，其文易花乱而不清晰；而用朱文线条与纸帛、绢素的淡色底相衬，较为清楚。若印体太小，线条太细，钤在较大纸帛上也不显眼。因此，印也逐渐放大，线条变粗，笔画空间加宽，这样便可形成鲜明的对比而保持清晰。
钤印之“印色”，后也称“印泥”的。但这里所称的“印泥”，与秦汉时“印泥”完全是两个含义。秦汉时是指封泥而言，南北朝时是印蘸色而印在纸帛上，故称印色。印色始用水液，后用蜂蜜调朱磉，再后来，用油渊朱砂，逐步改良进步。但最初也有用墨色的，后来通行朱色，也偶用赭色、青色的。唐时官印有称“朱记”者，以别于他色也。
魏、晋、南北朝以印色钤印在纸帛、绢素上的印迹，至今少见。但在文献记载上，却有多处：如唐代窦泉《述书赋》下卷，在谈到印章钤印时有“古小雌文，东朝周频”。窦蒙注日：“周频，东晋仆射周频印。”另在唐张彦远《历代名画记·叙古今公私印记》中也载有“诸好事家印，有东晋仆射周频印。古小雌字。频周”。按小雌文，即小白文或阴文也。同书还记载“又有梁朝徐僧权印：徐”。另高荚蓉记《古今公私印》中，亦有“粱例鉴赏家徐僧权有“徐白文小印”。
《魏邶》七十六，《卢同传》中记有：“令本曹尚二污以朱印印之”、“抑本军印记其上，然后印缝各上所司统将都督并皆印记”以防奸伪，即“进防揩洗之伪，退则无改易之理”。
《隋二礼仪志》：北魏有以木为之“督摄万机”一印，鼻钮，篆二伟，“此常在内，唯以印籍缝用”之记载。
《北齐二体》卷十《陆法和传》中也有“其启文朱印，名一。自称司徒”等记载。